Лекарственное средство применяется для профилактики венерических заболеваний (сифилиса, гонореи, трихомониаза, хламидиоза и др.).
Применяется для антисептической обработки ран, потертостей и трещин, ожогов, при бактериальных и грибковых заболеваниях кожи и слизистых оболочек, в т.ч. в урологии, хирургии, акушерстве-гинекологии.
В стоматологии используется для полоскания полости рта в тех случаях, когда затруднено соблюдение правил гигиены, в послеоперационном периоде после лоскутных операций на пародонте, для промываний зубодесневых карманов, свищей, полостей абсцессов. Поскольку хлоргексидина биглюконат оказывает цитотоксическое действие, концентрация раствора для полоскания не должна превышать 0,25 мг/мл.